厄特加尔城一役后，与莱纳·布朗变身的铠之巨人战斗，即将胜利之时被贝特霍尔德·胡佛变身的超大型巨人砸中而昏厥，与尤弥尔一起被两人带走。尤弥尔在莱纳的鼓动下，加入了回乡三人组的行列，并且带走了赫里斯塔·兰斯。后被随后赶来的调查兵团从莱纳手中救下，但与三笠同时陷入危机。
因汉尼斯被当年吃掉妈妈的那个巨人吃掉，艾伦几近精神崩溃陷入绝望，同样求生无望的三笠对艾伦凄美告白，感谢艾伦为其所做的一切，并露出幸福的笑容，深受感动的艾伦回忆起妈妈的话，重新振作决意保护三笠，并立下红巾之约。最终艾伦为保护三笠而爆发出强大的意志力，接着，他获得“坐标”之力（疑似能用意念控制其他无垢巨人的能力）。
受到支配的无垢巨人们对曾吃掉其母亲的巨人群起而攻将其啃蚀殆尽。之后因为对铠之巨人表露敌意，而使大批无垢巨人转而攻击铠之巨人与超大型巨人，在摆脱了巨人们的纠缠之后，艾伦背起受伤的三笠与调查团同伴们一起逃离险地。实际上，艾伦之所以能够发动“坐标”之力，是因为他是始祖巨人的宿主，而吃掉艾伦母亲和汉尼斯的巨人戴娜·弗里茨拥有弗里茨王室血统。当非王室血统的始祖巨人宿主和拥有王室血统的巨人接触时，便会发动“坐标”之力。
艾伦与幸存的调查兵团同伴们一起撤回罗塞之墙，原本出动救援艾伦的联军（调查团主力与宪兵团主力）人数有一百人左右，撤回墙壁时有六成士兵阵亡，艾伦深感内疚。让·基尔希斯坦在艾伦迷茫时用“艾伦式说教”帮助艾伦重新确立目标：用自己“坐标”的能力驱使巨人堵上玛利亚之墙以及手刃莱纳等人。一周之后，伤愈的利威尔在听完韩吉·佐耶与康尼·斯普林格关于巨人的情报后，与正在养伤的艾尔文·史密斯商议确定组建新利威尔班。艾伦与三笠、阿明等训练兵团104期出身的同伴们一起加入了新利威尔班。
对战莱纳第一次帕拉迪岛内乱艾伦和调查兵团暂时藏身在山中的木屋里，在韩吉和利威尔的安排下进行探究巨人化特质的研究和实验。掌握了有关艾伦巨人化次数极限，变身后知能程度等等情报，同时失望地得知艾伦尚且对如何硬质化毫无头绪，使得阿尔敏设想的“利用硬质化的残留巨人之躯封堵城门”的计划无法实施。另一边，同期生的克丽丝塔·连兹向众人坦白了身份：原来她真名为希斯特莉亚·雷伊斯，是伪装成普通贵族的墙内真实王族——雷伊斯家的私生女。
此时韩吉和利维接到身处中央的埃尔文通报，中央有人要强取艾伦和希斯特莉亚。纵然韩吉等人想尽办法掩护，艾，希二人还是落入了中央宪兵之手。在雷伊斯家庄园的秘密地下洞窟中，艾伦被锁链绑在高台上，而希斯特莉亚则和生父罗德·雷伊斯重逢。通过和雷伊斯父女的身体接触，艾伦体内潜藏的部分记忆被唤醒：原来艾伦的父亲格里沙是巨人之力的持有者。在玛利亚之墙陷落的当晚，格里沙来到雷伊斯家的地窖，将罗德的长女弗丽达·雷伊斯变身的巨人打败并吞食了本体，由此夺得了雷伊斯家传的，能支配一切巨人的“始祖巨人”之力，并将罗德的在场的其他孩子也全部杀死。
之后格里沙找到了难民营中的艾伦，将艾伦带到树林中，将藏着秘密的地下室的钥匙留给艾伦后给艾伦注射了巨人化的针剂，自己则被巨人化的艾伦吞食，得以将自己身负的二种巨人之力和记忆寄宿到艾伦身上。之后艾伦被训练兵团的教官长基斯·夏迪斯抱回难民营。得知了真相的艾伦精神崩溃，认为自己和父亲才是一切灾难的根源，哭喊着要求希斯特莉亚吃掉自己取回始祖巨人之力，凭借王族之血发动始祖之力，支配巨人，终结战争。
希斯特莉亚意识到百多年来雷伊斯家族虽能支配巨人却对拯救人类毫无作为，拒绝了父亲要其吞食艾伦巨人之力的要求，打碎了针剂并试图将艾伦解放。此时调查军团赶来救援二人。穷途末路的罗德舔舐洒在地上的巨人化针剂，变身成了残缺不全，只能爬行的超大型巨人，同时也撑坏了地窖使之趋于崩溃。
眼看兵团众人即将葬身于坍塌的洞窟，艾伦发现了罗德连同巨人化针剂一同拿来的写有“铠甲”标签的瓶子，放手一搏下咬破瓶子的同时变身巨人，成功使出了全身硬质化以支撑洞体，令众人得救。
之后艾伦同兵团在前往奥尔福德区去阻止即将爬行而至的巨人化罗德。艾伦变身巨人将大量炸药扔入罗德巨人体内将其炸碎，最后由希斯特莉亚亲手给父亲最后一击，以此为将登基的新女王立威。
新女王登基，调查军团排除了背后的不确定因素。艾伦掌握了硬质化能力，并借此完成了韩吉设计的“巨人断头台”，在托洛斯特区实验并杀死了大量巨人。这一切为进行下一步夺回人类领地——玛利亚之墙的计划奠定了基础。
另一边艾伦通过更多地与希斯特莉亚接触，唤醒了父亲传递的更多的记忆片段。从记忆片段中艾伦发现训练兵团教官，也是原调查兵团团长的基斯·夏迪斯和过去的格里沙熟识，可能知道部分格里沙的秘密，便和众人拜访了基斯。然而基斯对格里沙的来历所知也极其有限。但艾伦从基斯口中知道了母亲卡尔拉对他的期望：纵使平凡，只要能降生在这个世界上，便已经十分伟大了。令艾伦对自己 “不特别”的执念得到了释怀。
其后，玛利亚夺还作战实施。艾伦随兵团星夜赶到希甘希纳区，开场便成功按计划利用巨人化和硬质化能力封住了希甘希纳外侧的破洞。但始终按兵不动，不知藏身何处的莱纳和贝尔托特令众人感到十分不安。阿尔敏察觉到了敌人藏在墙体内部的可能，成功逼出了莱纳。
城墙另一边，从莱纳等人的“故乡”前来的战士长也变身成兽之巨人，和受其操控的大量无垢巨人一同封住了调查军团的退路。艾伦和莱纳，埃尔文，利维和战士长分别在玛利亚之墙的内外展开博弈。希甘希纳区内，艾伦施展出来长期训练的局部硬质化——将硬质化集中在拳头上以大大提升硬度，轻易地击溃了莱纳覆盖全身的铠甲。配合调查军团持有的新式兵器——雷枪，很快将莱纳逼入绝境。
此时贝尔托特现身并变身超大型巨人，在其无可匹敌的破坏力面前局势瞬间逆转。阿尔敏舍命发动佯攻吸引贝尔托特的注意力，艾伦则留下硬质化巨人之躯，本体脱离后直取超大型巨人后颈出的贝尔托特本体并成功将其生擒。
然而阿尔敏在佯攻过程中承受了大量高热蒸汽烧灼，全身高度烧伤而生命垂危；另一边的埃尔文团长亲率兵团做诱饵亦被野兽巨人打成重伤濒死。而利维士兵长身上的最后一管巨人化针剂则是决定谁可以活命的关键。失去理智艾伦拼尽全力请求利维救阿尔敏。利维经过一番内心挣扎后决定让埃尔文从这个世界解脱，给阿尔敏注射了针剂。
巨人化的阿尔敏吞食了贝尔托特变回人类并取得了超大型巨人之力。另一边被利维打败的野兽巨人的本体，吉克和莱纳一同被友方的巨人救走，临走前吉克特地与艾伦见面并告诉艾伦“我们都被你爸爸洗脑了”。虽然成功夺回了玛利亚之墙，但经此一役，调查兵团仅九人生还。
艾伦和兵团终于得以进入格里沙留下的地下室，得知了记载在里面的格里沙的过去和世界的真相。回归的艾伦，三笠和阿尔敏因违反军纪而被关了禁闭。禁闭期间艾伦唤醒了更多父亲的记忆，得知了诸多更加残酷的过去。并在授勋仪式上和希斯特利亚的接触时看到了未来的部分记忆，知晓了自己在未来开启了“天与地之战”发动地鸣屠杀了世上八成的生命，最终会被同伴们所阻止。
又一年后，墙内墙外的巨人终于被消灭殆尽。艾伦等人得以来到梦寐以求的海边，然而他们已经得知，战斗远未结束，海的对面尽是敌人，艾伦疑惑如果将敌人全部杀光是否就能得到自由。
在艾伦等人抵达海边后不久，马莱向帕拉迪岛派出了第一支调查舰队，被艾伦，阿尔敏两体巨人轻易击败。马莱海军中的以一名女军人叶莲娜为首的部分战士突然叛变，事实上他们听命于吉克·耶格尔，是吉克为执行他的解放艾尔迪亚人的计划而派来岛上的联络人。
叶莲娜等人向岛内领导层提出吉克的合作意向时，艾伦确认，并向领导坦白了过去隐瞒的部分讯息：没有王族血统的他若能与王族血统的持有者变成的巨人发生接触，就能运用体内始祖巨人的力量，唤醒三道城墙墙体内部沉眠的大量超大型巨人作为武力，是为“地鸣”，有足以踏平世界的威力。这是科技落后世界数十至上百年的帕拉迪岛面对世界敌意的王牌。
然而，艾伦先前因不希望希斯特莉亚被迫成为巨人而隐瞒了这一消息。叶莲娜及其率领的“义勇军”为帕拉迪岛带来了外界先进技术，还协助帕拉迪岛建立起了火车，港口等与外界交流所需的现代化设施。港口建成后接待的第一位外宾则是来自过去与艾尔迪亚帝国世代交好的，东洋日出国的东人清美（又音译奇优宓·亚兹玛比特）女士。清美提出可以帮助帕拉迪岛面对外部世界，而所求的也是帕拉迪岛上的冰爆石资源的开发资格，同时也在寻找着过去日出国将军血脉在岛上的传承者——三笠。